呼伦贝尔是蒙古民族的发源地。蒙古族的先民蒙兀室韦很早就生活在额尔古纳河东岸广阔地域。大约在八世纪中叶，成吉思汗的远祖学日帖赤那率众离开了额尔古纳河东岸，开始游牧于斡难河、克兽伦河、土拉河流域。十二世纪末，当成吉思汗登上政治舞台，再次踏上呼伦贝尔大地，利用优越的自然条件，进行统一战争，把各个游牧部落统一起来。成吉思汗未进入呼伦贝尔之前，其势力只局限于蒙古高原的肯特山区一带。

当呼伦贝尔成为成吉思汗的政治大舞台后，他便如虎添翼。成吉思汗把富饶的呼伦贝尔草原看成是自己建国的基地，每逢军事不利、年岁荒歉，他便迁到呼伦贝尔牧畜，养精蓄锐，以待时机。由于呼伦贝尔草原为他提供了大量的战马和牛羊，还有无数的骑士，使成吉思汗具有强大的军事力量。

他在呼伦贝尔草原上进行的数次决定性的战役，均获大胜。蒙古高原上各集团之间多年来势力均衡的局面被打破了，于是成吉思汗从东向西，只用了几年的时间，便完成了统一蒙古草原各部落的伟大事业。

“呼伦贝尔不仅现在是内蒙古的一个最好的地区，自古以来就是一个最好的草原。这个草原一直是游牧民族的历史摇篮。出现在中国历史上的大多数游牧民族：鲜卑人，契丹人，女真人，蒙古人都是在这个摇篮里长大的，又都在这里度过了他们历史上的青春时代。”这是著名历史学家翦伯赞先生1961年夏访问了呼伦贝尔之后所作的一个科学结论。

呼伦贝尔见诸史籍最早的是东胡。公元前209年匈奴人统一北方草原，呼伦贝尔地区属其三部领地之一左贤王庭辖地。

东汉建武二十五年鲜卑与东汉“通驿使”，这是公元49年。此时，鲜卑人已经走出森林，生活在海拉尔河、伊敏河、根河、额尔古纳河流域以及达赉湖畔，并发展为强大的部落联盟。公元4世纪，鲜卑人进入中原，建立了北魏王朝。鲜卑人余部，在此后的数个世纪，和突厥、回纥、黠戛斯、乌古烈诸部落相角逐与融合

北魏时期，大兴安岭东有乌洛侯等室韦诸部，岭西有地豆于等室韦部。

隋时，室韦分五部，生活于呼伦贝尔的是北室韦、钵室韦和深末怛室韦。

唐时，室韦分为九部，居嫩江（那河）沿岸的为达末娄部、达姤部，乌罗浑部和黄头部；居大兴安岭以西者为：居俱轮泊（今达赉湖）南的乌素固部、移塞没部塞曷支部和鲜部（黑车子室韦）；居额尔古纳河沿岸的西室韦部、大室韦部和蒙兀室韦部。

7-8世纪，突厥人和回纥人先后进入呼伦贝尔岭西地区，这里一度成为突厥和回纥的东部边地。9世纪末和10世纪初，岭西逐渐成为乌古烈和塔塔儿人的驻地，岭东成为契丹人的势力范围。

10世纪初至12世纪，呼伦贝尔属辽；12世纪初至13世纪初，这块土地属金。

成吉思汗先祖蒙兀室韦部在额尔古纳河流域日益成长壮大起来后，公元8世纪他们西迁到斡难河、土拉河、乌尔逊河发源地肯特山地区。当成吉思汗登上汗位后，他又重返呼伦贝尔，从塔塔儿人手中夺取了呼伦贝尔。成吉思汗最终统一了北方蒙古高原。统一的、强大的蒙古民族，也在这一历史时期形成。蒙古帝国建立后，1214年，成吉思汗将呼伦贝尔先后分封给他大弟拙赤·哈萨尔（故城在今额尔古纳市黑山头），二弟赤温·额勒赤及德薛禅家族，三弟帖木哥·斡赤斤弟（故城在今鄂温克自治旗辉河）。

1368年明朝建立后，元顺帝退守蒙古高原。呼伦贝尔大兴安岭东麓为蒙古阿鲁科尔沁部牧地，岭西直至尼布楚的广阔草原为蒙古四子、乌拉特和茂明安部游牧地。

明朝，呼伦贝尔地区由努尔干都指挥使司下设的一些卫、所管辖。