成吉思汗建立蒙古汗国以前，蒙古地区占支配地位的宗教是萨满教。萨满教是蒙古族古老的原始宗教。萨满教崇拜多种自然神灵和祖先神灵。成吉思汗信奉萨满教，崇拜“长生天”。直到元朝，萨满教在蒙古社会占统治地位，在蒙古皇族、王公贵族和民间中仍有重要影响。皇室祭祖、祭太庙、皇帝驾幸上都时，都由萨满教主持祭祀。蒙古族历史上有过多种宗教并存。

成吉思汗和他的继承者对各种宗教采取了兼容并蓄的政策。流行的宗教有佛教、道教、伊斯兰教、基督教、萨满教等。蒙哥汗时期，蒙哥汗和皇族除信奉萨满教外，也奉养伊斯兰教徒、基督教徒、道教弟子和佛教僧侣，并亲自参加各种宗教仪式。元朝时也采取同样的政策。元朝时期伊斯兰教徒的建寺活动遍及各地，基督教也受到重视和保护。国师八思巴曾向忽必烈及其王后、王子等多人灌顶。佛教取代了萨满教在宫廷里的地位。

可是，佛教的影响仅限于蒙古上层统治阶级，蒙古人大多信奉的仍然是萨满教。16世纪下半叶，蒙古土默特部阿拉坦汗(俺答汗)迎进了宗喀巴的藏传佛教格鲁派。1578年阿拉坦汗和达赖三世索南嘉措在青海仰华寺会面，召开法会，举行了入教仪式。在法会上索南嘉措被阿拉坦汗封为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”，达赖喇嘛称号由此产生。此后，在明、清两朝的支持和提倡下，藏传佛教在蒙古地区兴盛起来。但萨满教在东部地区以祭祀、占卜、治病活动形式不同程度地幸存了下来。、

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