满族统治阶级从征服蒙古之始，就将满洲八旗制度推广行之于蒙古原有的政权系统，建立了盟旗制度。八旗制和盟旗制的区别在于前者原来主要是军事组织，而后者则是军事与行政合一的制度。除在天聪三年(1629年)归顺皇太极的部分蒙古人和后来陆续按八旗组织形式编成的八旗蒙古(主要驻防北京、伊犁、塔尔巴哈召、科布多等地)之外，清朝统治者将蒙古分为"外藩"和"内属"两部分。内蒙古、新疆、青海、宁夏的蒙古为"外藩"，直属理藩院；绥远土默特、察哈尔、呼伦贝尔境内的蒙古为"内属"，直属于当地的都统、将军。最初，内蒙古二十四部被分编为四十九旗，分别归属哲里木、卓索图、昭乌达、锡林郭勒东四盟及乌兰察布、伊克昭西二盟。

清代的盟旗制度既有类似八旗满洲的形式，又是在蒙古族原有的封建世袭领地制度上建立起来的。它在一定程度上保留蒙古封建主政治、经济统治权的同时，更主要的是分化其实力，严格限制其人、马、军械等武装力量。元、明时期，蒙古地区的大领地称为"兀鲁思"，习惯上也称为"爱马克"(汉称为部)。在"兀鲁思"之下，又分为若干个"鄂托克"，系由若干个有近亲关系的家族集团组成。"鄂托克"中的军事组织称为"和硕"，后来也用作封建领地单位的名称。旗即建立在"鄂托克"的基础上，称为"和硕"。由于清朝统治阶级对蒙古族采取分而治之的政策，所以在实行盟旗制度之初，就将大的"鄂托克"分为数旗。当旗的人口增长时，就分出丁口，徙牧他处，另立新旗。旗与旗之间界限分明，任何人都不能潜越旗界，相互来往，违禁者要受到严厉的惩治。

为了限制旗的发展，使各旗封建主的势力互相牵制掣肘，在旗之上设盟，称为"楚固拉干"。盟也是沿袭利用了蒙古大小封建主原有的集会形式，使之成为高于旗的具有显著军事性的一级组织。由若干部所分出的旗在固定的地点会盟，会盟之处就是盟的名称。

在蒙古族地区，喇嘛教于十六世纪末已经广泛传播。清朝统治阶级在政治上充分利用了喇嘛教，使喇嘛教的宗教上层也同样享有世俗封建主的特权。具有成文法典性质的《理藩院则例》明文规定，僧侣封建主可有自己单独的政权系统。在内蒙古共有七个喇嘛旗，与一般的旗地位平等，各行其是，互不干涉。

从盟旗的组织已将蒙古原来的"爱马克"、"鄂托克"化整为零，从其编制、统属关系又有属于"内属"的"总管旗"，属于"外藩"的"扎萨克旗"和"凡喇嘛之辖众者，令其治事如扎萨克"的"喇嘛旗"，分别受都统、将军、理藩院大臣和活佛(呼图克图和呼毕勒罕)的监督。这不仅进一步加深了蒙古族地区的封建割据，也完全便于中央专制集权的统治。

按照清政府的规定，蒙古族十六岁至六十岁的男子须服兵役，一律编为骑兵。作为军事组织，每个旗的全部壮丁，除喇嘛、奴隶之外，都要编入丁册。每150名壮丁为一"佐"，蒙古语称为"苏木"，意为"箭"，所以入编的壮丁也称为"箭丁"，其中三分之一为现役骁骑，其余为预备骁骑，战时出征，平时生产。每佐设佐领一人，也称为"苏木章京"，意为"箭长"，负责清查丁册、征税、征发人伕等事务，由下设的骁骑校、领催等官员协助。每个旗有多少个佐由旗的大小决定，丁口众多的旗有几十个佐，少的只有一、二个佐。每六个佐设参领一人，也称为扎兰，主要掌管兵事。旗以下最基层单位为"巴嘎"，蒙古语意为"队"。每个"巴嘎"共十户，设什长一人。

《理藩院则例》规定，在旗的范围之内，每三年检查壮丁增减情况一次，称为"比丁"；在盟的范围之内，每三年检阅各旗军事力量一次，称为"会盟"。"会盟"时，由各旗公举的王公任盟长、副盟长负责召集，届时各旗箭丁必须携带军械、甲胄、马匹前往指定地点参加。由于盟不是一级行政机构，主要起监督作用，所以盟长不能干预各旗内部事务，其职责仅在于将改编佐领、清理各旗刑事案件等重要军政事务上报理藩院或有关地区的都统或将军裁决。"内属"各旗不设盟长。

从清代以旗作为内蒙古地区基本军事行政单位以后，作为一旗之长的旗扎萨克概由朝廷任命。旗扎萨克"世袭罔替"，"总理旗务"、"世治其民"，有权处理旗内行政、军事、司法以及调整牧场等事务，实际上就是旗的领主。在旗扎萨克之下设有协理台吉，管旗章京、梅伦、参领、笔帖式等各级官员助其行事。由于旗和鄂托克已不尽相同，原鄂托克的领主不一定是旗扎萨克，所以内蒙古除了管旗、执政的旗扎萨克之外还有一部分所谓"闲散"王公。他们虽然没有领地，但具有领主的身份，享有优厚的世袭食禄俸银。这些封有亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公、台吉、塔布囊等爵位的亲贵组成的封建统治集团，按照其等级地位对劳动牧民分别享有不同的政治和经济权利，并有《理藩院则例》予以法律形式的保障。

在盟旗制度之下，与蒙古封建主有严格人身依附关系的被隶属牧民等级"阿拉特"，有阿勒巴图、哈木济勒噶和沙比三个阶层。他们分别按照各自的等级地位担负各种沉重的封建义务。"阿勒巴图"原是贡赋之意，贡赋包括实物和劳役两个方面，阿勒巴图作为服役纳贡阶层人数最多，除服兵役之外，负责供应驿站的马匹，过往官员的食宿，供养旗扎萨克及其家属，负担盟、旗办事机构的经费，被摊派向皇帝的进贡和献礼，还要牧放皇室牧场的畜群，是旗扎萨克和清政府一切封建剥削的承担者。每户阿勒巴图有牛一头者，年交米三釜，有二头者倍增，五头以上者交羊一只；有羊二十只者，年交羊一只，有羊四十只以上者交羊二只。至于封建主借端勒索的马匹、牛羊、奶子、奶酒、毡子等则无法数计。虽然有少数阿勒巴图由于作战、服役有功而被豁免赋税、徭役，在经济上上升为富牧，甚至担任旗、佐低级官职，但绝大部分阿勒巴图被繁重的贡役剥夺了人力和牲畜，不能正常地从事生产劳动。

"哈木济勒噶"汉称随丁，是从编入丁册的壮丁中抽出供闲散王公、台吉等封建主役使的牧民。按照爵位，等级最高的亲王可得六十丁，最低的台吉可得四丁。旗下佐领、参领等官员也可依法在任职时选取一至四名作随丁。因此根据不同的服役对象，哈木济勒噶又分为"随人箭丁"和"随缺箭丁"。他们虽然豁免兵役和对旗扎萨克的劳役，但需为所属的封建主当差服役，用于放牧、作运输或其他工作的全部收入尽数归主人支配，并且可以被买卖、赠送。就其社会地位而言，类似世代为封建主终身服役的家奴。只有极少数随丁在缴纳贡赋、服役有功的情况下，得以解除世代承袭的服役义务成为阿勒巴图。

"沙比"原来是徒弟之意，是封建主作为布施捐赠给寺庙的牧奴，终身为寺庙及僧侣封建主服役，其地位和随丁相似，后裔也不能离开寺庙。在牧民中还有少数奴隶，蒙古语称为"哈喇昆"，处境更为悲惨，终身为主人从事家务劳动，供主人使唤。

盟旗制度作为政治制度与畜牧业生产有着直接的联系。在游牧经济中，牲畜和土地是基本生产资料。由于生产的流动性，内蒙古土地、牧场的所有权和私有性质是通过支配权表现出来的。以旗扎萨克和旗内王公贵族组成的封建统治集团，操纵着属下牧民的生产活动，掌握着牧场的支配权，占用了最肥美的牧场。又由于《理藩院则例》的规定，劳动牧民只能在本旗扎萨克指定的地区放牧，不得擅自离去，这就更加强了牧民对封建主的依附关系。在近代，盟旗制将蒙古族社会纳入国家的政治整合体制中。内蒙古自治区成立后，仍然沿用这一名称，但意义却已经全然不同了，今天的盟相当于地极市，旗相当于县，呼伦贝尔盟已于2001年撤盟设市。