清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度天命九年(1624)后金统治者对归附的蒙古部众,按八旗组织原则（见八旗制度），在其原有社会制度基础上编制旗分,后复以此办法陆续安置归附的蒙古诸部至乾隆三十六年(1771)，土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。此制自初置至完备，历时一百四十多年。旗的划分大致以过去的封建领地鄂托克（otok，地域集团）、爱马克（aimak,血缘集团）等为基础，尽可能予以分割，划一部为多旗。只有少数部得就原部编为一旗。

由于统治上的考虑和历史、地理的原因，旗分两类：①清中央委派大臣、都统、将军直接节制的总管旗，统称“内藩蒙古”，察哈尔、归化城土默特、新巴尔虎、陈巴尔虎以及分散于热河、新疆境内的蒙古诸旗属之，共六十一旗。②清中央理藩院监督的札萨克 (jasak)旗，统称“外藩蒙古”。漠南蒙古（又称内蒙古）六盟二十四部五十一旗、漠北蒙古（又称外蒙古或喀尔喀蒙古四盟四部八十六旗、漠西蒙古（即西套蒙古）八盟四部六十四旗属之，共十八盟、三十二部、二百零一旗。札萨克旗又有“内札萨克”、“外札萨克”之分，漠南蒙古诸札萨克旗属“内札萨克”，漠北、漠西蒙古诸札萨克旗属“外札萨克”。其区分同样出于统治上的考虑，两者的职权、体制也因之略有差异。

　旗为军事、行政合一单位，由清中央就旗内王公中任命札萨克为其长，可以世袭；其职权为战时动员本旗兵丁出战,平时总揽本旗行政、司法、税收等项事务;下设协理台吉（tosalaki taiji,札萨克之副职）、管旗章京(hoigugi jahiroki-janggi,次于台吉之管旗官)等僚属,协助札萨克治事。旗以下置佐（或称“箭”,蒙古语为“苏木” som），设佐领。佐原为基本军事单位，后逐渐成为旗以下的一级行政单位。佐领不仅领本佐兵丁，还办理清册、收税、征等事。佐的多少标志着一旗的兵力状况。原则上，佐由一百五十名壮丁组成，但实际上有增有减。凡年在十八岁至六十岁之间的蒙古男丁，都有服兵役的义务。内札萨克建旗少而置佐多，外札萨克建旗多而置佐少，有的旗甚至只置一佐。

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